indenização horas extras

Sei que a indenização das horas extras prestadas com habitualidade , quando suprimidas devem ser indenizadas na forma do enunciado TST 291.
Entretanto estou na dúvida quando esta supressão se dá de forma parcial. Como fazer o cálculo ?
Apura-se a média dos últimos 12 meses , e deduz desta média aquelas que não serão suprimidas ? ou Indeniza tudo?
OBS . Não encontrei tópicos que me sanassem esta dúvida.

Boa tarde, já passei situação semelhante e procedi da seguinte forma : Média dos 12 ultimos meses, constando em folha e contra cheque, com a rubrica "Indenização por supressão de Horas Extras", e recolhendo INSS e FGTS também (Orientação de Consultoria)

Obrigado amigo Flávio, pelo esclarecimento
A propósito , Flávio, esta indenização entra no somatório para a base de cálculo da previdência.
Explicando melhor , Se vou lançar as rubricas do mês , o desconto para a previdência parte do empregado recai sobre estas mais a indenização, no que poderá atingir o percentual de desconto de 11% , ou calcula em separado podendo ser de 8 ou 9% dependendo do caso.