Posso ser trabalhador registrado (CLT) e ser contribuinte in

Posso ser trabalhador registrado (CLT) e ser contribuinte individual como autônomo prestando serviço como taxista para pessoas físicas diversas? Se eu fizer o cadastro na previdência como autônomo, isso pode gerar algum problema quando for me aposentar tendo atuado em paralelo na empresa privada ao longo do tempo contribuído?

Sérgio, problema algum.
Você deverá ter, inclusive, um valor maior de quando se aposentar, já que irá recolher a Contribuição Previdenciária tanto como empregado de empresa privada quanto como contribuinte individual.

Lembrando que é importante você observar no ato do recolhimento se a soma dos dois valores não ultrapassa o teto máximo da Previdência (hoje 482,92). Ou seja: esse é o valor máximo que você terá que pagar de INSS, somando o que a empresa desconta no seu contra-cheque mensal e o valor que você paga como contribuinte individual.