Anaelisa, boa tarde !
Eu acredito que a empresa tem que filiar-se ao sindicato do estado de São Paulo, pois a empresa está localizada no estado de SP então as devidas contribuições devem ser feitas no estado correspondente a empresa (se eu estiver errada que alguém me corrija).
15. A EMPRESA TEM FILIAIS EM CIDADES DIFERENTES, PARA QUAL SINDICATO DEVE CONTRIBUIR?
R.: As empresas atribuirão parte do respectivo capital às suas sucursais, filiais ou agências, desde que localizadas fora da base territorial da entidade sindical representativa da atividade econômica do estabelecimento principal, na proporção das correspondentes operações econômicas, fazendo a devida comunicação às Delegacias Regionais do Trabalho, conforme a localidade da sede da empresa, sucursais, filiais ou agências. (art. 581, "caput" da CLT)
Exemplo:
Capital da empresa: R$ 920.000,00
Faturamento da matriz em São José (Sindicato São José) R$ 800.000,00 → 80%
Faturamento na filial em Joinville (Sindicato de Joinville) R$ 200.000,00 → 20%
Total Faturamento R$1.000.000,000 → 100%
A matriz São José, com percentual de faturamento em 80%, terá um capital proporcional de R$736.000,00 (R$ 920.000,00 x 80%), para fins de enquadramento na tabela de contribuição do sindicato respectivo.
A filial Joinville, com percentual em 20%, terá um capital proporcional de R$184.000,00 (R$ 920.000,00 x 20%), para referido enquadramento.
No caso de filiais, sucursais ou agências que pertencem ao mesmo sindicato e estão localizadas na mesma base territorial da matriz, não será aplicado o princípio da atribuição de capital.
Fonte:
http://www2.fiescnet.com.br/web/pt/site_topo/dea/info/contribui-ao-sindical
Espero ter ajudado.
Att,