se o funcionário for no médico, e o médico só atestar as hor

Boa tarde, eu tenho um funcionário que esta faltando com frequência, e na maioria da vezes, só traz declaração de horas ex:( foi no medico as 10:00 saiu de lá 11:30) e o médico não viu a necessidade de atestar o dia todo, pois o mesmo havia condições de trabalhar. O funcionário não foi para a empresa no restante do dia, só comparecendo no dia seguinte com um atestado de horas. A empresa além de descontar as horas que subsequentes do atestado, ela pode aplicar uma advertência por ele deixar de ir trabalhar o restante do expediente?

Boa noite Eduardo. A CLT, em seu art. 482, letra "e", diz: Constituem justa causa para rescisão do contrato de trabalho pelo empregador: "e": desídia no desempenho das respectivas funções. Ou seja, nessa letra enquadra-se também as faltas reiteradas.
Caso fosse a primeira única vez que isso aconteceu ( não retornar ao trabalho à tarde), entendo que seria bom conversar com ele, até porque talvez possa ter se sentido mal (pensando no lado humano). Mas como já adiantou que isso é seguido, então entendo que tem que aplicar as medidas disciplinares, ou seja, advertência verbal, advertência por escrito, suspensão, até chegar numa possível justa causa.
Entretanto, caso pense na justa causa, te orientaria conversar com o jurídico antes, para planejarem a "estratégia", pois essa questão é muito complicada e complexa.