Pedido demissão

Boa noite,
Tenho seguinte situação: empregada pediu demissão, está grávida, é de conhecimento da empresa; a empregada está pedindo demissão por que está tendo que se ausentar do trabalho e não quer prejudicar a empresa devido sua ausência e outro motivo que alegou é fato de não ter se adequada às normas da empresa. Qual o procedimento da empresa nessa situação? vale lembrar que a a empregada tem situação estável.

Ana Maria, que empregada de boa-fé, parabéns a ela! O patrão não pode demiti-la, mas ela não é obrigada a permanecer na empresa se essa não é a sua vontade, portanto, a rescisão de contrato é normal, de um empregado que solicita demissão.
Eu aconselharia, apenas, que ela faça o pedido de demissão de próprio punho, podendo até constar os motivos que citastes na tua pergunta.

Mesmo o pedido sendo feito de próprio punho, há possibilidade da empregada requerer na justiça indenização?

no Art. 500 – O pedido de demissão do empregado estável só será válido quando feito com a assistência do respectivo Sindicato e, se não o houver, perante autoridade local competente do Ministério do Trabalho e Previdência Social ou da Justiça do Trabalho.

Com base no artigo citado, entendo que o pedido de próprio punho não resguarda a empresa de pagar indenização para empregada, estou certa?

Como a empresa deve proceder para não ser prejudicada?

Ana Maria, sendo a rescisão homologada no Sindicato da categoria, entende-se que diminui a possibilidade da empresa ser prejudicada, devido a uma possível reclamatória da empregada alegando ter sido "coagida" a assinar o pedido de demissão, ou algo do tipo. Mas você sabe que, na Justiça do Trabalho, "tudo pode acontecer".
Abaixo segue uma jurisprudência sobre o tema:
“AGRAVO DE INSTRUMENTO. RECURSO DE REVISTA - DESCABIMENTO. RESCISÃO CONTRATUAL. NULIDADE. GESTANTE. ESTABILIDADE PROVISÓRIA. 1. Nos termos do art. 500 da CLT, “o pedido de demissão do empregado estável só será válido quando feito com a assistência do respectivo Sindicato e, se não o houver, perante autoridade local competente do Ministério do Trabalho e Previdência Social ou da Justiça do Trabalho.” 2. O contexto fático delineado pelo Tribunal de origem não deixa dúvidas quanto à ocorrência da gravidez quando do pedido de demissão e a ausência da assistência sindical na dispensa. Dessa forma, impõe-se reconhecer a estabilidade estabelecida no art. 10, II, “b”, do ADCT. Agravo de instrumento conhecido e desprovido.” (TST; AIRR 5-92.2012.5.09.0303; Relator: Alberto Luiz Bresciani de Fontan Pereira; Julgamento: 23/10/2013).

Márcio, não ficou claro ...

Ana, aqui tem uma matéria sobre o assunto:
clique aqui

Sugiro, também, entrar em contato com o sindicato da categoria e solicitar esclarecimentos.
Caso continue em dúvida, então encaminhe para o advogado da empresa ...