A legislação não apresenta os casos excepcionais, porém, há entendimento jurisprudencial de que isso ocorre quando há necessidade imperiosa, ou seja, em caso de força maior, serviços inadiáveis. Veja Jurisprudência:
EMENTA: Férias parceladas. Art. 134, par. 1o CLT - Somente em casos de necessidade imperiosa (força maior, serviços inadiáveis e outros) há possibilidade (V.Carrion). A necessidade "normal" da atividade do empregador a tanto não autoriza. (TRT, 2a R., 2a T., RO Oculto, Ac. Oculto, j. 7.11.95. Rel. Carlos Francisco Berardo, DJ-SP II 24-11-95, p.44).
No caso do consulente, não se trata de necessidade imperiosa a concessão de férias em dois períodos de 15 (quinze) dias e, como bem colocou o Juiz relator, em se tratando de necessidade "normal" do empregador, não há como fracionar as férias.
Quando ao pagamento antes do periodo aquisitivo, foi a empresa quem concedeu as férias antecipadamente, sabendo que o correto é somente apos o periodo aquisitivo, e tbm foi a empresa que demitiu o funcionario, então creio q nao é correto descontar, pois futuramente ela pode ser alvo de um processo trabalhista.