Francymara, boa tarde.
Primeiramente você precisa verificar se e Aposentadoria por Invalidez, se for não há como demití-lo. (o contrato fica suspenso).
http://www.guiatrabalhista.com.br/guia/suspensao_aposentadoria.htm
Se for aposentadoria (por tempo de contribuição ou idade), como estava afastado por doença, antes verificar a convenção coletiva de trabalho.(estabilidade)
Se desejo do empregado ser desligado por motivo de aposentadoria (com exceção da apos.invalidez), primeiramente o empregado precisa fazer de uma carta de próprio punho, solicitando a demissão constando na carta o motivo(aposentadoria)
Com relação a sua duvida, (segue)
A data no sistema e a data que a empresa ficou ciente, ou um dia antes do inicio da aposentadoria.
Com relação a rescisão e aquilo que menciono acima.
A rescisão por motivo de aposentadoria o empregado não terá direito;
a) Aviso Prévio
b) Multa do FGTS (40%)
Na maioria das convenções coletivas já há clausulas assegurando ao empregado que está se desligando por motivo de aposentadoria alguns beneficios.(verificar a mesma).
Francymara, na carta de concessão de aposentadoria consta o código B (alguma coisa), veja no link abaixo
OcultoC%C3%B3digo.pdf" target="_blank" rel="nofollow" class="redirect-link">http://www.igdp.com.br/documentos/arquivos/OcultoC%C3%B3digo.pdf
caso não consiga digite no Googles (codigo de beneficios previdenciários) e depois clique no segundo ítem. (o acima)