Amigo, para cada vinculo é criado uma conta (codigo do trabalhador), se ele foi transferido para outras empresas, vai ser gerado para cada transferencia um novo codigo, isso se dá para que se haja algum erro e precise de retificação, vai saber exatamente qual conta corrigir, para efeito de segurança mesmo.
Não existe um meio de unificar, a unica coisa "chata" desta parte é que quando ele for ser desligado, você terá que imprimir o extrato do FGTS de todas as empresas que ele passou (que houveram transferência) e emitir também a chave de liberação do FGTS, fora isso, não tem nada de incomum ou que necessite de uma atenção.