Jeisiane, se ainda não foi feito pagamenton rescisório, então refaça a rescisão criando uma verba de desconto (Diferença de Multa Rescisória FGTS), agora se já foi feito o pagamento, então converse com o ex-empregado explique a ele, caso ele não concorde, então espere a homologação e explique a homologador(a), e torce para ele te restituir.
Outra forma e se a empresa paga a PLR e ainda não o fez, então deduz da mesma.
Eu mesmo quando tem alguma diferença tais como (consulta médica, farmacia e outros) que não deu tempo de descontar na rescisão e o ex-empregado não quer reembolsar, então desconto da PLR.