Bom dia Carlos Henrique,
Eu estava com mesmo problema, enviei email para suporte e finalmente me responderam.
Segue resposta:
O sistema não aceita o certificado digital tipo e-NFE, mesmo que ele seja um e - CNPJ.
Infelizmente, neste caso, será necessário possuir um certificado e - CPF ou um e - CNPJ simples, sem ser e-NFE.
O link abaixo tem os manuais do sistema empregador para maiores informações.
http://granulito.mte.gov.br/sdweb/empregadorweb/sucessoLogout.jsf
Att,
Gleiva Pereira Silva
Agente Administrativo
Ministério do Trabalho e Emprego
SPPE/DES/CGSAP