Boa tarde.
Anderson, não isso porque a h.extra tem um acrescimo de no mínimo 50%.
A empresa deve lançar/calcular em separado, com relação ao atraso a empresa "podera" descontar o DSR, mas antes deve verificar se na convenção coletiva o permite, caso contrário somente o atraso.
Para fazer essa compensação somente se constar em convenção coletiva de trabalho.
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Anderson, exemplo
Salario = R$ 15,00 p/h
Chegou ou saiu mais cedo = 15 minutos
Outro dia saiu mais tarde = 15 minutos
Calculando
Atraso = 15 minutos em decimais = 15/60 = 0,25 = R$ 15,00 x 0,25 = R$ 3,75
H.Extra = 15 minutos em decimais = (15/60) x 1,50% = 0,375 = R$ 15,00 x 0,375 = R$ 5,63
Além disso tem a MDSR = abril/2015 ( 6/24)= 25% x 5,63 = R$ 1,41
Resumo
Atraso = R$ 3,75
Total da H.Extra (incluindo a MDSR) = R$ (1,41 + 5,63) = 7,04
Diferença do Atraso p/h.extra = R$ 3,29, quase o dobro do atraso, esse o valor que o empregado estaria perdendo, além disso tem o FGTS, as Médias para fins de (férias,decimo terceiro, aviso prévio).
A empresa ainda corre o risco, de recolher também para o INSS e I.Renda(caso haja).