compensar horas extras das horas não trabalhadas

boa tarde,

na empresa as horas extras são minimas, só três ou quatro funcionários fazem no mês 2 ou 3 horas. posso compensar essas horas com os atrasos deles?

Sandro, boa tarde.
Não, isso porque as horas extras tem o aumento de (50%, 100%........), conforme a convenção coletiva de trabalho, e além disso incide no DSR, FÉRIAS, FGTS, DECIMO TERCEIRO, AVISO PRÉVIO, INSS.
Exemplo:
Salario R$ 15,00 p/hora,

Atraso 2h15m = R$ 33,75

H.Extra 2h15m = R$ 50,62
MDSR s/H.Extra = R$ 12,15 (maio/2015)

Resumindo
Atraso..............................33,75
H.Extra + M.DSR............62,77

Além disso, tem incidencia nas Férias, aviso prévio, decimo terceiro.