Vagner, eu entendo que este é um assunto complexo, que vai da empresa querer arriscar, pois tecnicamente, quem recebe o vale-transporte é o funcionário que não tem meio de locomoção, ou seja, precisa vir de ônibus para o emprego. Assim ele deve receber o próprio vale-transporte, não podendo ser fornecido de outro modo, em dinheiro por exemplo.
Já vi casos que a empresa paga em dinheiro o VT, em holerith e depois precisa incorporar o valor no salário, uma vez que não existe o VT pago desta forma, ele passa a ser uma' ajuda de custo' que deve ser devida em fgts, inss e demais situações.
Mas isto precisa ser tratado com delicadeza pois o VT é oferecido para o funcionário, ele tem que fazer a opção na data da admissão, ou posteriormente, através de formulário. Se ele faz a opção, tem que ser dado o VT, se faz a opção não, ele abre mão deste direito, assim a empresa não precisa arcar com mais nada. Também já vi caso que o funcionário faz a opção do VT, recebe dinheiro e sofre um acidente de percurso com seu carro, moto, bicicleta. O INSS não reconheceu o direito de Acidente de Trabalho, uma vez que ele devia estar sendo transportado por ônibus.
Nas empresas em que trabalhei orientamos estes riscos. Acontece muito da empresa pagar um determinado valor como 'Ajuda de Custo'. Pode vir a dar problema? Pode ou não. A ajuda de custo seria um valor para translado em situação de viagem, desta forma deveria ser paga de forma esporádica. Quando paga de forma frequente passa a ser considerada parte do salário.
Me corrijam de tiverem outra visão deste assunto.