Regiane, boa tarde.
O correto e a empresa antes de pagar em dinheiro fazer um recibo detalhando o problema e colher assinatura do empregado.
Mas a legislação permite sim o desconto
"A MP 280/2006 permitia, a partir de 01.02.2006, o pagamento do benefício em pecúnia (dinheiro). No entanto, a referida MP foi convertida na Lei 11.311/2006, a qual vetou a alteração do art. 4º da Lei 7.418/85, mantendo a proibição da concessão do VT em dinheiro.
Embora a legislação estabeleça que o fornecimento do VT não nem natureza salarial e nem constitui remuneração para base de cálculo de INSS, FGTS ou IRF, é vedado ao empregador substituir o vale-transporte por antecipação em dinheiro ou qualquer outra forma de pagamento, salvo se houver falta ou insuficiência de estoque de vale-transporte (dos fornecedores) necessário ao atendimento da demanda e ao funcionamento do sistema.
Portanto, só caberá o pagamento em dinheiro se o empregado tiver efetuado, por conta própria e por insuficiência de estoque do fornecedor, a despesa para seu deslocamento, situação esta em que o empregado poderá ser ressarcido pelo empregador, na folha de pagamento imediata, da parcela correspondente.
http://www.guiatrabalhista.com.br/tematicas/vt_pecunia.htm
Converse com o empregado e mostre a lei.
