Gabriella,
É preciso verificar a quantidade de dias de férias que o empregado tem na ocasião das férias coletivas. Assim, temos 03 situações:
1 - EMPREGADO COM PERÍODO AQUISITIVO VENCIDO (01 ANO - 12/12 AVOS) - Se o empregado tiver direito a 30 dias e duração das férias coletivas for menor, deverá o empregador conceder os dias restantes em outra ocasião futura, observado o prazo máximo para não haver a dobra das férias. A contagem de novo período flui normalmente;
2 - EMPREGADO COM MENOS DE 01 ANO (PERÍODO AQUISITIVO INCOMPLETO) - Se o empregado tiver direito a menos de 30 dias, porém, direito a mais dias do que a duração das férias coletivas, também deverá o empregador conceder-lhe o restante dos dias em outra ocasião futura. Contudo, haverá/iniciará nova contagem de um novo período aquisitivo quando do retorno das férias coletivas;
3 - EMPREGADO COM MENOS DE 01 ANO (PERÍODO AQUISITIVO INCOMPLETO) - Se o empregado tiver direito a menos dias do que a duração das férias coletivas, os dias excedentes até que complete a duração das férias coletivas deverá ser pago ao empregado como LICENÇA REMUNERADA. E inicia-se nova contagem de um novo período aquisitivo quando do retorno das férias coletivas.
Como você pôde verificar na explicação acima, é necessário analisar cada caso de acordo com a admissão e vencimento de cada período aquisitivo de cada empregado.
Não há que se falar em "desconto do empregado". O pagamento pelos dias de férias será feito e, de acordo com cada caso como expliquei, haverá ou não uma nova contagem do direito das férias (período aquisitivo).
Espero ter ajudado.