Bom dia.
De acordo com o Art. 74, § 2ºda CLT - Consolidação das Leis Trabahistas, o empregador com mais de 10 funcionários está obrigado a registrar o horário de entrada e de saída, bem como os intervalos, porém deixa claro que poderá ser manual, mecânico ou eletrônico. Portanto, não exige que seja feito eletronicamente. Caso a empresa opte por utilizar meios eletrônicos, estes deverá estar de acordo com a Portaria 1510, de 21 agosto de 2009, do Ministério do Trabalho e Emprego. Segue texto da CLT na íntegra:
Art. 74 – ....
§ 1º - ...
§ 2º – Para os estabelecimentos de mais de dez trabalhadores será obrigatória a anotação da hora de entrada e de saída, em registro manual, mecânico ou eletrônico, conforme instruções a serem expedidas pelo Ministério do Trabalho, devendo haver pré-assinalação do período de repouso.
Espero ter ajudado