Isadora Di Toledo, bom dia!
O trabalhador afastado por motivo de doença: a empresa assume os primeiros 15 dias em seguida encaminha o mesmo para o inss, ate a data da pericia a empresa faz a folha como se o trabalhador estivesse afastado, caso a previdência não aceite o pedido, tornando indeferido a empresa deve retificar a folha mudando a condição do trabalhador e lançando faltas nos dias que o mesmo ficou afastado.
As principais causas de afastamento do trabalho que geram direito ao depósito do FGTS, mesmo sem a prestação do trabalho são:
Os primeiros 15 (quinze) dias de afastamento do empregado por motivo de doença, salvo se os 15 dias for resultado de novo afastamento pela mesma doença, dentro dos 60 (sessenta) dias contados da cessação do benefício anterior;
Os primeiros 15 (quinze) dias de afastamento do empregado por motivo de acidente de trabalho, inclusive durante todo o período em que este permanecer afastado após os 15 dias;
Os 120 (cento e vinte) dias de licença-maternidade e os 5 (cinco) dias de licença-paternidade;
Os dias de faltas justificadas como falecimento de parentes, casamento, doação de sangue entre outros previstos em lei ou convenção coletiva;
Durante todo o período de afastamento por serviço militar obrigatório;
No exercício do trabalho prestado pelo empregado em cargo de confiança imediata do empregador; e
Durante os dias em que o empregado estiver em gozo de férias.
http://www.guiatrabalhista.com.br/tematicas/fgts_deposito.htm
Espero ter ajudado..