Larizza, bom dia.
Nesse caso especifico, a empresa deverá conceder as férias, logo que o mesmo retornar do auxilio, ou seja, em seguida, mas antes deverá passar pelo médico do trabalho para obter o ASO apto.
Desta forma a empresa não sentirá sua ausência.
""Ocorre que, em alguns casos, o empregado ao entrar em auxílio-doença, tinha férias vencidas não usufruídas. Então, como proceder se durante o período de auxílio-doença, vencer o prazo que o empregador tinha para conceder e pagar as férias? Já recebi vários e-mails, sobretudo de empregadores domésticos sobre essa questão. Procede-se da seguinte maneira:
O empregador deverá conceder imediatamente as férias ao empregado assim que ele retornar ao trabalho, porém sem o pagamento da multa prevista no artigo 137 da CLT. Isto porque, o atraso da concessão não foi de responsabilidade do empregador, pois o período do auxílio-doença é incompatível com a concessão das férias uma vez que o contrato de trabalho tem efeito suspensivo decorrente do afastamento do empregado por auxílio-doença.
Se for o caso de demitir o empregado, essas férias vencidas serão indenizadas na rescisão contratual também sem a penalidade da multa."""
direitostrabalhistas.blogspot.com.br
Em alguns casos, que não recomendo[/u], conta-se os dias faltantes para completar 30 dias antes de vencer o segundo período e prorroga-se no retorno do auxilio.
Exemplo
Afastou em 09.12.2015 -
30 dias antes de vencer o segundo periodo = 03 de Janeiro de 2016 (04.01.2016 à 02.02.2016 = 30 dias)
Então nesse caso fica faltando = 26 dias (10 à 31 + 03 dias de Janeiro).