Karina,
Conforme informei acima, a empresa deve buscar medidas para disciplinar o empregado quanto a forma como o mesmo está procedendo atualmente. Se o funcionário assinou o contrato de prestação de serviço com início às 10:00 horas, deverá iniciar às 10:00 horas, independente do motivo pelo qual ele vem mais cedo, pois antes de assinar o contrato já estava ciente que deveria iniciar em determinado horário.
Não que a empresa seja obrigada a pagar 1 hora diária de hora extra para o empregado, só porque o mesmo deseja assim. Se o funcionário vai aguardar no refeitório ou outro local, fica a critério dele. A questão é que a empresa deverá informá-lo que sua conduta está incorreta.
Quanto às horas que já foram feitas (que a empresa deixou que ocorressem) deverá, com certeza, ser pago. Mas caso o empregado continuar se portando desta forma, a empresa deverá tomar medidas mais rigorosas, tomando como aparo o artigo 482 da clt.