Hora extra / falta

Ola me chamo Thiago e sou gerente de um lava jato e gostaria de uma ajuda de vocês .
quando um funcionário falta o dia dele e descontado, até então tudo certo , sendo que nos fazemos hora extra que da um total de nove horas por semana e minha duvida é quando um funcionário falta o dia dele e descontado e ele ainda perda as horas extras mesmo trabalhando todas a horas extras ou ele tem que ser descontado só o dia que falta ? sendo que meu chefe paga a hora extra todo sábado.
desde já agradeço pelas respostas.

Thiago, bom dia.
A falta e descontada independente da h.extra, isso porque a h.extra tem a incidência de uma porcentagem a mais mínima de 50%, e além disso tem influencia no DSR, Férias, Aviso Previo, Decimo Terceiro, FGTS, e no INSS.
Exemplo
No holerith ficaria assim
Salario ......
H.Extras ....xxh...à xx% ..................
MDSR sobre as H.Extras ...............
Total Bruto
Faltas ....x dias...............
Atrasos ....x hs..............
INSS ...x%.............
Total Descontos...........
Liquido a Receber................

A falta acontece de qualquer maneira, e se ele falta ele perde o direito do DSR(descanso semanal remunerado) então na folga dele ele folga só que ele perdeu o direito da folga então será descontado a falta e mais a folga da semana, totalizando duas faltas, exemplo: se ele faltar uma vez na primeira semana de maio então ele terá a falta descontada e mais o dsr da semana, e se ele tivesse faltado duas vezes ele teria duas faltas descontadas e mais o dsr.
E dai é só pagar as horas extras devidas ao funcionário e fazer os descontos das faltas.

Thiago, Bom dia

Acho que a sua dúvida é sobre o reflexo das horas extras no DSR.
Se o funcionário faltou um dia e perdeu a folga, automaticamente não haverá reflexo,
pois o reflexo acompanharia o principal que é a folga.

Nesse caso deve ser pago horas extras e descontado a falta, o funcionári só perde direito ao DSR sobre horas extras.