Tuani Mazzoti um bom dia!
É uma questão delicada ao meu ver porque existe a convenção coletiva da categoria onde estão expressas as normas que jugam-se mais benéfica para o trabalhador daquela categoria, se o sindicato se recusa a homologar essa rescisão é porque eles observam que o trabalhador esta em desvantagem nesse contrato firmado, podendo este esta em conflito com o acoro coletivo da categoria, e a clt diz o seguinte:
DA ALTERAÇÃO
Art. 468 - Nos contratos individuais de trabalho só é lícita a alteração das respectivas condições por mútuo consentimento, e ainda assim desde que não resultem, direta ou indiretamente, prejuízos ao empregado, sob pena de nulidade da cláusula infringente desta garantia.
DO CONTRATO INDIVIDUAL DO TRABALHO
Art. 444 - As relações contratuais de trabalho podem ser objeto de livre estipulação das partes interessadas em tudo quanto não contravenha às disposições de proteção ao trabalho, aos contratos coletivos que lhes sejam aplicáveis e às decisões das autoridades competentes.
A Consolidação das Leis do Trabalho (CLT) tem como missão proteger o trabalhador, o sindicato da categoria norteia os critérios de contratação e vantagens assim como as penalidades por irregularidades.
Veja esse link de um caso parecido onde o magistrado, dando provimento ao recurso do reclamante. (RO nº 00501-2009-142-03-00-6).
http://www.normaslegais.com.br/trab/5trabalhista190510.htm Dessa forma a empresa deve calcular todas as diferenças conforme orientação do sindicato e efetuar os devidos pagamentos dentro dos prazos estabelecidos evitando assim maiores transtornos, e ficando atenta nas novas contratações.