Boa Tarde!
A meu julgamento, o PTC não é uma opção, e sim uma obrigação. O sindicato, por exemplo, poderá exigir a unificação das duas contas (CNPJ X e Y) ou o extrato de ambas as contas juntamente de suas respectivas chaves de movimentação no ato homologatório. Se tal sindicato for cumprir seu papel, ressalvará o TRCT no ato homologatório já que se tornou impossível apresentar tudo que eles precisam analisar.
Minha sugestão é providenciar o PTC o quanto antes, pois mesmo com urgência, não haveria tempo hábil para que a CEF procedesse a unificação.
Paliativamente poderá também explicar a situação ao gerente de FGTS da agência escolhida para que ele emita um extrato analítico da conta CNPJ X (aquela que não tem mais acesso). Aproveita a situação para questionar sobre a emissão da chave.
Se a agência se negar a emitir tal extrato, solicite ao próprio funcionário que o faça. Estas são as sugestões que eu seguiria se tivesse com o seu problema.
Por isso entendo que o PTC não seja uma opção. Ele deverá ser feito tão logo haja a transferência para que tais problemas sejam evitados.
Espero ter ajudado.