Segue orientação que recebi a respeito:
Conversão da Estabilidade em indenização
Inexiste possibilidade legal de a empresa dispensar sem justa causa o empregado que goza de umas das estabilidades previstas em lei, bem como não é possível qualquer opção entre a manutenção do emprego e a conversão desse período em dinheiro (indenização), sendo certo afirmar que a adoção dessa prática contraria a legislação.
Contudo, esclarecemos que a conversão do período de estabilidade provisória no emprego em indenização somente será admitida caso se constate, no curso do processo, a existência de incompatibilidade entre o empregador e o empregado capaz de tornar insustentável a convivência entre ambos no ambiente de trabalho.
Salientamos que somente a Justiça do Trabalho tem competência para adotar tal decisão, conforme previsto no art. 496 da CLT.
A indenização da estabilidade legal consistirá no pagamento dos salários correspondentes ao respectivo período, computando-se, para esse fim, também a projeção das demais verbas trabalhistas, tais como: férias, 13º salário, etc.
Caso efetivamente ocorra a dispensa sem justa causa do empregado em gozo de estabilidade, esse, sentindo-se prejudicado, poderá ingressar com reclamatória perante a Justiça do Trabalho, pleiteando a imediata reintegração no emprego, cabendo ao Poder Judiciário analisar a legalidade dessa pretensão e, se for o caso, ordenar tal medida.