Bom dia Lucimara Moreira,
Primeiramente, o MEI deve fazer a GFIP tendo funcionário ou não, logo, no mês de abertura.
Quando há funcionário, deve ser feita a GFIP (para isso você deve baixar o programa SEFIP :
(idg.receita.fazenda.gov.br)
Nele, você vai fazer uma competência por vez, informando os valores do funcionário. Ao término, você vai transmití-lo no site Conectividade Social ou Conectividade Social ICP (a empregadora já deve ter acesso, pois você mencionou que ela já fez alguns recolhimentos de FGTS). No mesmo programa, a guia de GPS INSS também constará e você pode utilizá-la.
Ver se a funcionária pertence a algum Sindicato e fazer os devidos recolhimentos de contribuições à este, mediante verificação junto à Convenção Coletiva.
Verificar se foi feita a transmissão do Caged no mês de admissão do funcionário.
Gerar o recibo de pagamento mensal e guardar todos os documentos e guias recolhidas em arquivo próprio.
Veja nesse link, o passo a passo da transmissão da GFIP: escritoriobrum.com.br
Qualquer dúvida, estou à disposição.
Abs,