Michele,
Tenho por prática, somente atualizar quando sai o dissidio.
Nossa data base é março mas, geralmente sai em junho ou julho, então faço comunicado formal, informando a data de recolhimento das carteiras e documentos de atualização para pagamento do salário família (ficam ciente de que se não enviar, será suspenso até comprovação do filho matriculado), deixo bem claro e não abro exceções, não aceito fora do prazo.
Faço todas as atualizações, como férias, salários, funções etc e devolvo na data aprazada, sempre com protocolo de entrega (temos funcionários em outros estados).
Isso evita extravios e também trabalho fora da rotina.
Só volto a mexer na CTPS do funcionário em caso de dispensa.
Att.
Angel