Reconhecimento de vinculo

Bom dia caros colegas,
Estou com um caso onde o funcionario trabalhou na empresa de 14/11/2014 a 29/05/2015 sem registro, e agora procurou o dono da empresa para que fizessem um acordo.
O empresario em vista do funcionario estar em situação dificil, se dispos a acertar os direitos do mesmo.
Posso fazer o reconhecimento desse vinculo por conta propria sem ter que entrar na justiça para obter uma sentença ?
Ou precisarei refazer as folhas de pagamento do periodo, assim como caged, RAIS ? se este for o caso, após tanto tempo o funcionário conseguira sacar seu fgts junto a CEF ?
E ainda tem um porem, o mesmo esta enfermo, portanto não consegue se deslocar ate uma unidade da caixa caso haja possibilidade e necessidade de saque, neste caso pode algum parente representa-lo ?

Felipe, bom dia.
E um caso delicado, isso por causa dele está doente, não se sabe quando ficou e pode até dar problema.
Sugiro a você que consulte um advogado trabalhista de sua confiança/empresa explique a situação e também solicite ao empregado (caso o advogado concorde) o laudo médico atualizado do mesmo onde deverá constar a data que iniciou o afastamento, motivo, quanto tempo irá durar, ou seja, tudo detalhado, sugiro também que antes consulte o médico do trabalho para que o mesmo possa te orientar.
Eu, particularmente, acho melhor fazer tal registro/acerto, (se o advogado concordar) pela justiça, assim dificilmente terá problema com relação a doença que apresenta hoje.