Bom dia Simone,
Você terá direito ao saldo de salários do mês de setembro, no seu caso, 17 dias, 13º salário de janeiro a setembro/2016, 1 férias vencidas acrescida de 1/3 constitucional e o FGTS da rescisão. Lembrando, que durante o período de afastamento, o décimo terceiro é pago pela Previdência, e você deve abater esses meses do cálculo proporcional, ok. E deve verificar também, se a quantidade de dias afastada não influenciará no cálculo das férias. (http://www.guiatrabalhista.com.br/tematicas/ferias_perdedireito.htm)
Veja: informativotrabalhista.jusbrasil.com.br
Se preferir, use esse site para cálculo: http://calculoexato.com.br/parprima.aspx?codMenu=TrabRescisao
Att,