Rogério, e isso mesmo, e assim que faço.
Soma-se as horas em atraso e lança como atraso, não como falta, senão vai ter problema tanto no calculo como nas férias, decimo terceiro.
Alguns programas de folha faz o seguinte lançamento, (cabe a empresa decidir)
Salario = xx
Atestado Médico = xx
Bruto = xx
Atestado Médico = (xx)
Horas em Atraso = (xx)
INSS = (Bruto - Atestado Médico - Horas em Atraso) x Percentual Tabela
Outros Descontos = (xx)
Total = (xx)
Liquido = xx
Mencionei Atestado Médico tanto no Vencimento como no Desconto, mas por questão Contábil, algumas empresas querem contabilizar custo dessas horas para a empresa (despesa), e como foi lançado no Vencimento e obrigatorio lançar também no Desconto, senão o empregado irá receber a mais.
Lembrando que essas verbas não tem incidência, (inss, fgts e i.renda).