Afastamento INSS

Estou com um funcionário que se afastou em 16 /01/2017 vou fachar a folhga de pagamento pagamento os primeiros 15 dias de janeiro ?
Como proceder nos proximos meses pois ele teve 90 dias de atestado .
Estou na duvida quanto a SEFIP .
INSS continua sendo recolhido e FGTS ???
ME AJUDEM

Paola, boa tarde.
No seu programa de folha de pagamento tem um campo no cadastro do empregado onde você irá informar a data do ultimo dia de trabalho e a data do termino do afastamento, e o motivo pelo qual está afastando.
O sistema irá calcular automaticamente, informando corretamente na SEFIP.
Caso o seu sistema não tenha esse item, deverá solicitar a empresa que vendeu ou dá o suporte para que faça a parametrizaçao.

O pagamento, sim será até o dia do atestado + os quinze primeiros dias, no seu caso será o mês de Janeiro integral, nas folhas de;
Janeiro = 15 dias
Fevereiro = 28 dias
Março = 31 dias
Abril = 16 dias
Totalizando = 90dias

Nas folhas de Fevereiro, Março será ZERO, já na folha de Abril, (se tudo o mesmo estiver apto ao retorno) será pago a partir do dia 17.
Lembrando que antes de retornar a atividade, deverá o mesmo apresentar o laudo de seu médico e encaminhando ao médico do trabalho para obtenção do ASO (verificar se e apto ou inapto), se inapto deverá voltar ao seu médico e o mesmo irá tomar as providências, ok..

FGTS então será zerado ?
E janeiro pago apenas os 15 dias ?

Correto CARLOS ALBERETO DOS SANTOS .

Paola, em janeiro pagará os dias trabalhados + 15 dias de atestados (lei)

Com relação ao FGTS, precisa verificar o motivo do afastamento por doença normal (não relacionado ao trabalho) sim, os outros meses será zerado.
Agora se for relacionado ao trabalho, então haverá incidencia.
O que deve ser feito e consultar o médico do trabalho ele irá te informar se o afastamento e relacionado ou não ao trabalho.
E importante que após a perícia do INSS verificar junto a carta de concessão do beneficio, caso seja positiva ao afastamento, qual foi a decisão do INSS, ou seja, se foi considerada ou não doença relacionado ao trabalho.