O funcionário estava em uma manifestação (participando dela) ou se atrasou porque foi impedido por uma manifestação? são duas coisas diferentes.
As faltas que deverão ser abonadas estão elencadas no artigo 473 da CLT e em Convenção Coletiva da Categoria, manifestação não é motivo para abono de faltas/atrasos (ainda mais se ele estivesse participando da manifestação), no entanto, essa é uma tipica situação de bom senso, considerando que ele estava impossibilitado de chegar ao trabalho cabe a empresa analisar e abonar ou não, de qualquer forma não é obrigado o abono dessa falta.