FGTS deposito da matriz e filial em uma só conta

Boa tarde

Tem um funcionário que foi registrado na matriz e filial, na mesma data.
Os depósitos de FGTS ficaram em somente uma conta em vez de duas.
Agora a empresa dispensou ele da matriz.
Preciso liberar o FGTS SOMENTE DA MATRIZ.
O moto boy do escritório foi na CEF e falaram que não tem como separar as contas, ele vai ter que sacar tudo.
Alguém já passou por isso e sabe como separar essas contas? Para ele poder sacar somente da matriz.
E o valor da filial, ser sacado somente quando ele for dispensado?

Lucidia

Ele é informado mensalmente nas duas GFIPs? Matriz e Filial?

Sim, é informado nas duas GFIP, matriz e filial.