Olá Michele,
Também tivemos um caso desse na empresa. Em fevereiro foi pago FGTS em duplicidade.
É um processo mais chato e demorado, mas em torno de 30 ou 45 dias o dinheiro é reembolsado. No nosso caso levou 45 dias, mas já vi casos que demorou mais de 2 meses.
A parte chata é que envolve as contas de FGTS dos trabalhadores, que ficarão bloqueadas durante esse período. Caso ocorra alguma demissão, a empresa não terá acesso ao FGTS do funcionário, o cálculo será manual e o funcionário não terá chave de acesso, o que impede de ser homologada a rescisão.
Outro problema que enfrentamos foi com uma funcionária que estava em processo de financiamento de imóvel na Caixa Econômica. Parte da entrada seria paga com seu saldo de FGTS, porém, com as contas bloqueadas ela teve que aguardar a finalização do processo da empresa para concluir seu financiamento.