Karina, boa tarde.
Como sabemos se ultrapassar os dias a empresa e obrigada a pagar em dobro, mas quando o empregado entra em gozo de auxilio doença no qual faltam xx dias para vencer o segundo periodo, o contrato fica suspenso, então em seu retorno ao trabalho a empresa tem o mesmo dias que faltava para conceder as férias, não pagando em dobro. Desta forma e o entendimento,
...A sanção da dobra, prevista no artigo 137 da CLT, deve ser aplicada nas hipóteses em que a concessão das férias fora do prazo legal é determinada pelo empregador e não no caso em que o impedimento à fruição das férias no período legal ocorreu por motivo de doença do empregado, quando não há qualquer responsabilidade do empregador.....
...Nesse sentido, a lição de Raimundo Cerqueira Ally:
“Incompatível a fluência simultânea do auxílio-doença com as férias. Se, à data do afastamento, o empregado tiver completado o período aquisitivo, as férias somente serão concedidas após a alta, ainda que longo seja o período de afastamento. A concessão das férias, in casu, subordina-se à condição suspensiva do contrato (gozo de auxílio-doença), o que impede, enquanto o afastamento durar, o pagamento em dobro (art. 137 da CLT), o pedido de fixação, por sentença, da época de gozo (art. 137, § 1º), a antecipação ao abono pecuniário (arts. 143 e 145 da CLT) e o curso da prescrição (arts. 149, da CLT, e l70, I, do CC). As férias serão indenizadas se houver a extinção do contrato de trabalho. Tomar-se-á para o cálculo das férias a remuneração que for devida à época da concessão (art. 142 da CLT) ou à data da indenização, observados os reajustes e vantagens atribuídos à categoria do empregado durante o período de afastamento (art. 471 da CLT)”
(Normas Previdenciárias no Direito do Trabalho, Raimundo Cerqueira Ally, 5ª edição, IOB, pág. 102)
........“DO CONTRATO DE TRABALHO DURANTE PERÍODO CONCESSIVO. PAGAMENTO DE FORMA SIMPLES. É indevido o pagamento em dobro das férias quando o respectivo período concessivo não se completou, em virtude de suspensão do contrato de trabalho no período de afastamento do obreiro com percepção de benefício previdenciário (auxílio-doença). (TRT 9ª R; Proc. 26328-2008-015-09-00-1; Ac. 26231-2009; Quarta Turma; Rel. Des. Luiz Celso Napp; DJPR 18/08/2009
Karina, isso é de suma importância, o que eu faço e o seguinte, quando o empregado volta ao trabalho, e antes do afastamento falta xx dias ou xx meses para completar o segundo periodo, eu faço por escrito detalhando o prazo e mencionando até quando a empresa poderá conceder férias sem pagar em dobro, assim o empregado fica ciente e a empresa também., ok..