Já tive um caso semelhante, a empresa deverá pagar na rescisão a indenização da funcionária até a projeção do fim de sua estabilidade, incluindo os reflexos em FGTS, INSS, férias, décimo terceiro e outros benefícios em CCT.
A funcionária perderá o direito ao benefício de licença maternidade, segundo as diretrizes do INSS pois já teve esse período indenizado em rescisão e a empresa não poderá compensar ou restituir esses valores...
É um prejuízo...
E em seu caso específico a melhor saída ao meu ver seria uma rescisão em juízo, para evitar que a funcionária depois acionasse a empresa em função de alguma divergência.
Atenciosamente,
Michel Martins de Araújo
Analista em Departamento Pessoal
"O que ganho, se conquisto aquilo que busco? Um sonho, um alento, uma espuma de alegria fugidia. Quem compra o contentamento de um minuto para se lamentar uma semana?"