Empresa Matriz e Filial

Boa tarde!

Veio para meu escritório uma empresa que tem matriz e filial. Algumas funcionárias da matriz foram transferidas para a filial. Tenho algumas dúvidas: terei que fazer folha de pagto para ambas (matriz e filial) e os encargos trabalhistas serão feitos somente no Cnpj da matriz?
No caso de rescisão de uma funcionária da filial, terei que somar o fgts que foi depositado enquanto ela estava na matriz para fazer o cálculo da grf, uma vez que ela foi só transferida. Correto?
Desde já muito obrigada.