Erro do cálculo do RAT Ajustado

Ao auditar o pagamento dos impostos da empresa onde trabalho (atacadista distribuidor), verifiquei o cálculo errado do RAT Ajustado. Pagávamos um RAT Ajustado de 2% (RAT de 1% e FAP 2) ao invés de o RAT ser 3% (CNAE Principal 4632001) e o FAP 0,5, totalizando um pagamento indevido a mais de 0,5% sobre a folha de pagamento. Não cheguei a consultar períodos anteriores, mas acredito que isso tenha se repetido por alguns anos. Como proceder para restituição destes valores? Além disso, meu regime era simples há 2 anos. Essa restituição também é válida para o Simples Nacional?


Desde já agradeço a ajuda.