Pagamento de intervalo durante horas extras

Caros colegas,
Boa tarde.

Tenho que efetuar o fechamento da folha de pagamento e tenho o seguinte caso:
O empregado trabalha de 07:00 as 17:00 com intervalo de 01 horas de segunda a quinta e sexta feira o mesmo horario,porem saindo as 16:00,totalizando 44 horas trabalhadas.Até aqui tudo ok.
Porem,o funcionario fez horas extras durante a semana,trabalhando de 17:00 as 22:00,com 30 minutos de intervalo para alimentação.
Minha pergunta é a seguinte:
1) Para fins de contagem de horas extras,considero o horario de intervalo como hora extra ou tenho que excluir os 30 minutos?
2) Em que parte da clt ou jurisprudencia que fala sobre esse assunto?O motivo dessa fundamentação é porque o cliente quer passar isso para os funcionarios,para não criar nenhum tipo de conflito ou até mesmo desconfiança.
Desde já agradeço a todos.
Marco Antonio.

Boa tarde Marco Antonio.

Antes de mais nada, vamos tratar de uma possivel irregularidade, no que diz respeito a hora extra em pauta. Ora, Artigo 59. diz o seguinte: "A duração normal do trabalho poderá ser acrescida de horas suplementares, em número não excedente de duas, mediante acordo escrito entre empregador e empregado, ou mediante contrato coletivo de trabalho." e você me informa que um horário entre 17:00 e 22:00 indo portanto, de encontro ao artigo acima citado. isto posto e em resposta do seu questionamento, devo dizer que, para fins de contagem de horas extras, os 30 minutos de intervalo é considerado com tal e questione com seu cliente, a extrapolação do horário extra concedido pela lei.

Luiz Jose,
Boa tarde.

Como são as coisas nao é? atrás de uma dúvida sobre o intervalo durante as horas extras,voce meu falou na situação de extrapolar as 02 horas permitidas por lei e esse detalhe passou despercebido por mim e consequentemente pela empresa(cliente).
Tenho que agradecer em duplicidade,pois,tirou a minha dúvida e me atentou para outra situação não percebida.
Obrigado .
Obrigado.
Marco Antonio