cnpj me x produtor rural pessoa fisica

Boa tarde amigos,

Preciso de ajudar na seguinte situação:
Um empregador rural com CNPJ Sociedade empresaria Ltda esta recolhendo tributos de folha FGTS , INSS como produtor rural pessoa física. Só agora descobri que o CNPJ deste produtor é Sociedade Empresaria Limitada o que descaracteriza como pessoa física. Como proceder para regularizar esta situação? Sabendo que há muitos anos vem recolhendo deste jeito.

Agradeço se alguém puder me iluminar.