Nathália,
É complexo o tema, pois a aptidão é requisito para a admissão (como possuir CTPS, por exemplo), logo o exame indicando inapto revela que a pessoa não preenche o requisito de ser contratado.
Infelizmente a Justiça do Trabalho poderá ter entendimento diferente, pois há algumas sentenças que referem uma expectativa da contratação.
Caso o exame indique apto (com indicação de alguma doença pré-existente), a empresa poderia estar praticando um ato discriminatório.
Nesses casos, é apropriada uma consulta ao jurídico.
Espero tê-la ajudado,