Rescisão por abandono desde 2012

Olá,

Estou com o seguinte caso, um funcionário que esteve afastado por auxilio doença de 05/2002 até 03/2012, porém após termino do benefício o mesmo não informou/retornou a empresa. A empresa por sua vez continuou acreditando que o funcionário ainda estava afastado, pois perdeu contato com o mesmo. Enfim, somente agora em 10/2018 teve retorno do funcionário que trouxe documento informando que termino do beneficio foi em 03/2012. Neste tempo (6 anos) a empresa continuou informando ele como afastado não gerando recolhimento de FGTS. Como faço agora para fazer a rescisão deste funcionário? Posso declarar na SEFIP data de retorno agora 10/2018 e fazer sua rescisão (funcionário pede demissão, ele só quer regularizar situação)? Ou devo retificar a SEFIP de 03/2012? Mais conseguirei fazer rescisão por abandono apos este tempo todo?

Alguém pode me ajudar? Não sei o que fazer?