Leia, bom dia.
Você menciona que ela se acidentou no dia 26/09, então contando 15 dias = 11.10.2018, como a empresa liberou o adiantamento, e se esse for 40% do salario, então corresponderá a 12 dias de salario e provavelmente seu holerith/folha de pagto ficará negativo.
A empresa na folha de Outubro pagará 11 dias, isso porque já pagou 04 dias em setembro, como a folha não pode ficar negativo, então terá que criar uma verba de credito chamada por exemplo = SALDO INSUFICIENTE, e esse quando a empregada retornar ao trabalho a empresa e ela combinaram como será o desconto.
Se for ACIDENTE DE TRABALHO então a empresa depositará durante o periodo de afastamento o FGTS.
Leia, precisa verificar também a convenção coletiva de trabalho, ok..