Rescisão, Demissão Empréstimo Consigado

Gostaria da ajuda do pessoal, fui admitido em 12/02/2015, logo foi concedido um aumento, mais baseado em hora-extra devido ao momento que a empresa não poderia realizar o ajuste em CLT, em 24 de Junho de 2017 fiz uma cirurgia de um cisto, fiquei afastado por 1 ano e 3 mês 27/09/2018, o meu salário já estava ajustado em carteira e desde quando entrei no auxilio doença do INSS, minha dúvida é a seguinte, eu tinha feito um empréstimo consignado onde é descontado em folha, assim que afastei fui no banco informar sobre as condições de pagamento desse empréstimo, segundo a minha gerente esse empréstimo deveria ser de minha responsabilidade o pagamento das mensalidades correto? essa informação passada pela gerente do banco, só que daí percebi que a empresa estava efetuando o pagamento, dia 01/10/2018 assinei um aviso prévio que seria indenizado, perante as leis a empresa poderá descontar da minha rescisão o valor total? pq já será descontado os 30% do empréstimo restante com banco, a ultima vez que olhei meu contracheque isso faz uns 3 a 5 mês o valor já estava aproximando de + 10 mil reais negativos.