Olá Oliveira, boa tarde!
Seu sistema tem que estar preparado para este tipo de contrato, mas, no geral é:
cadastra-se normalmente o empregado, com categoria intermitente.
O empregado terá contrato de trabalho (intermitente; sugiro procurar o auxílio de um advogado para elaborar o padrão de vocês) e registro na CTPS.
Somente na parte da frente, onde terá que ter na etiqueta a informação de que o contrato é intermitente.
Para cada convocação, deverá ser feito um termo.
Exemplo: funcionário foi admitido em 07/01/2019 para prestar 20 dias de serviços.
Na etiqueta da CTPS constará a admissão, 07/01/2019.
No termo de convocação, o período que ira durar aquela atividade. Para cada atividade é um termo.
Por isso seu sistema deve estar preparado, tendo em vista que, ao lançar a convocação, para calcular o recibo daquela convocação, calcular as horas corretamente.
Espero ter ajudado.
Samanta