Carlos, boa tarde.
Isso é normal, principalmente em uma Justa Causa, a maioria ingressa com ação na justiça, o que a empresa deve fazer e o deposito em uma conta judicial ou na conta do ex-empregado, informar a ele via correio com confirmação de recebimento que foi efetuado o deposito na conta tal, e aguardando que compareça a empresa para baixa na ctps.
E muito dificil demissão por justa causa, alguém assinar a rescisão,ok..
Fique tranquilo, o importante e fazer o deposito no prazo e comunicar ao empregado, acredito que esse irá ingressar com ação na justiça, cabendo a empresa se defender, podendo em alguns caso ser revertido a demissão para demissão sem justa causa,ok.. (mas isso caberá a justiça, ok)