Viviane, bom dia.
Logicamente que a empresa precisa comunicar aos empregados que a partir do mês xx, o desconto do vale transporte obedecerá a legislação do mesmo, ou seja, 6%.
Respondendo sua pergunta:
Caso a empresa deixe de descontar ou efetue um desconto de vale-transporte inferior a 6% do salário básico, sem respeitar o valor real dos vales-transporte concedido, estará em desconformidade com a legislação e, portanto, o valor desse vale-transporte integrará o salário para todos os efeitos legais, inclusive sendo base de cálculo para efeito de Previdência Social e FGTS.
Desta forma, para que a empresa passe a efetuar o referido desconto, deverá integrar o valor ao salário do empregado para posteriormente passar a efetuar o desconto.
FONTE: Consultoria CENOFISCO
www.empresario.com.br
Viviane, logicamente que isso (acima) e um alerta ao empregador, se houve questionamento na justiça, a mesma que irá decidir, ok..
(minha opinião).
Muitas empresas concede beneficio e depois chega a uma determinada hora em que a situação aperta, então não sou muito favorável a determinados beneficios, isso porque para depois mudar, dá muita dor de cabeça, e sindicato, ministerio do trabalho e nas medias e grandes empresas até greve.
Quando a empresa está pensando em conceder algum beneficio, eu já oriento a diretoria, que para depois "cortar" não é fácil.