Renata, a legislação deixa bem claro = VEDADO
As importâncias, ainda que habituais, pagas a título de ajuda de custo, auxílio-alimentação, vedado
seu pagamento em dinheiro..
Nesse caso está sendo pago em DINHEIRO, e além disso no caso especifico dessa empresa, ela está pagando mensalmente ao empregado uma ajuda para custear o transporte, haja visto que existe a lei do Vale Transporte que foi criada para esse fim, ou seja, para que o empregador não tivesse
encargos (previdenciários, trabalhista), ok.
Veja nesse link uma materia que deixa bem claro como a empresa deve proceder, não passando pela folha e sim o empregado fornecendo a nota fiscal do abastecimento e a empresa reembolsando.
A apresentação das notas fiscais é necessário para não caraterização de vantagem patrimonial por parte do empregado e, consequentemente evitar a incidência de contribuição previdenciária, fundiária e tributária sobre a verba que teve ter natureza indenizatória e não salarial.
https://oliveiraeassociados.jusbrasil.com.br/artigos/193028568/do-vale-transporte-e-seu-pagamento-em-dinheiro-ou-vale-combustivel
Em uma possivel fiscalização a receita irá verificar o que é essa ajuda de custo, não e nomenclatura que define a verba e sim a sua finalidade, ok..
Agora cabe a empresa querer correr o risco. Esse empregado no futuro pode ingressar com uma ação na justiça, requerendo beneficios, como;
FGTS/Férias/Aviso Prévio/Decimo Terceiro, sobre essa verba que ele ""entende"" que a empresa substituia o salario por essa ajuda de custo, isso acontece, nunca se sabe o que o empregado podera questionar.