Endriw, boa noite.
Isso acontece, o que você deve fazer e comunicar individualmente a cada empregado, e mostrar como será feito o desconto na folha de pagamento, onde deve "ouvir" o empregado para que o mesmo possa também opinar com relação ao desconto, desta forma ambos sairão ganhando.
Feito isso, então deve criar uma verba de desconto com tributação nos encargos, inss, fgts e irenda, desta forma o valor será deduzido da base de calculo.
Endriw, deve colher assinatura do empregado concordando com o desconto, com o valor a ser descontado mensalmente e também a quantidade de parcelas, isso já ocorreu comigo, expliquei ao empregado colocando a minha posição e ele a posição dele(empregado), então chegamos a um acordo.
ok