retificar salário errado de um funcionário com GPS e FGTS pagos

Olá,

tenho um funcionário que foi enviado seu salário de forma errada, contendo o valor menor que o devido em três competências.

Como faço para retificar esses valores e pagar a diferença de INSS e FGTS? Será um valor total, ou por competências? 

Salário real de 1.435,00, estava indo 1.390,00. No sistema mostrava o valor real, mas quando vi na sefip estava errado.

Você pode fazer da seguinte forma:
Gera em seu sistema uma folha complementar nas competências individualmente para esse funcionário. E o proprio sistema vai fazer o INSS e FGTS somente dessa diferença.

Ou se o seu sistema não tem como gerar folha complementar, você reenvia a folha do funcionário para GFIP e lá altera manualmente o valor de remuneraçao para a diferença a ser paga.
Paga os encargos devidos.
E depois gera a sefip completa, para o sistema entender que há naquele mês outras pessoas e outros dados.