Rescisao em empresa baixada

Boa tarde.
O Caso é o seguinte:
Estou com uma empresa que antes de fazer a baixa deveria ter feito a rescisão contratual de seus funcionários. 
Os funcionários foram transferidos para outra empresa como se fosse grupo econômico (mas não é).
Situação no FGTS: as contas dos funcionários que foram transferidos tem valores na conta com o CNPJ anterior e CNPJ atual.
Não há como fazer PTC pois a empresa origem foi baixada e os funcionários não poderiam ser transferidos, mas ainda assim foi informada GEFIP N3 na época 2016.

Como faço para conseguir regularizar a situação destes funcionários. 
A meu ver teria que ser feita a rescisão dos funcionários com data retroativa (2016) pela empresa origem e regularizar a admissão na empresa destino (saindo de transferência para admissão).
Teria como fazer esta rescisão com a empresa origem baixada?

Bom dia Juliana!

Estou com uma situação parecida e não sei como proceder. Você conseguiu resolver?