Amigo, boa tarde.
Depende de muitos fatores. Geralmente, os responsáveis pelo setor Pessoal efetuam os devidos lançamentos no sistema. Creio que todo sistema faça a integração entre os seus módulos. Caso, não seja possível, o setor contábil deve efetuar os lançamentos de forma manual. Já fui do setor Contábil e, provisionava essas despesas com base nos valores pagos no período anterior.
Logo após a escrituração, exigia do setor Pessoal uma análise dos números (se estavam em conformidade).
A parte das Férias é um pouco mais complicado, mas exigia do setor responsável um relatório das últimas férias pagas de cada colaborador juntamente com as datas de período aquisitivo e uma base/provisão do mês que será concedido. Em tese, eu 'fazia o trabalho do outro setor'.
Mas, já vi situações onde além de preparar os documentos físicos e seus devidos controles; o responsável pelo setor Pessoal realmente lançava essas movimentações. O setor Contábil apenas verificava possíveis irregularidades na contas lançadas, por exemplo.
Acredito que seja algo mais interno (procedimentos internos).